Marcatori di peso molecolare

I marcatori di peso molecolare, o ladder, sono una serie di standard utilizzati per determinare le dimensioni approssimative di una proteina o di un frammento di acido nucleico su un gel per elettroforesi. Questi standard contengono dimensioni e concentrazioni di frammenti (o proteine) predeterminate. Quando i marcatori vengono caricati in corsie adiacenti ai campioni, è possibile determinare facilmente la dimensione e la concentrazione dei frammenti o delle proteine del campione.

Le ladder di DNA contengono frammenti di DNA di dimensioni variabili. Queste ladder sono talvolta ottenute dalla digestione con enzimi di restrizione di DNA plasmidico con una sequenza nota. Spesso i marcatori di peso molecolare del DNA e i ladder sono disponibili in due formati: premiscelati con il colorante di caricamento o con il colorante di caricamento separato.

I DNA Step Ladder contengono bande di DNA di dimensioni definite e di uguale intensità con frammenti di lunghezza definita. Ad esempio, i frammenti di DNA step ladder possono avere incrementi di 100bp, da 100bp fino a 4000bp. Le Step Ladder non sono destinate alla stima della concentrazione. Sono ideali quando si desidera una verifica della lunghezza dei frammenti più specifica di quella che si può dedurre da una tipica ladder con incrementi più grandi o meno consistenti.

Analogamente alle scale di DNA, le scale di RNA contengono frammenti di RNA di dimensioni diverse. Per determinare le dimensioni dei frammenti, l'RNA viene in genere fatto passare in un gel per elettroforesi denaturante. Poiché l'RNA migra più velocemente del DNA attraverso i gel di elettroforesi, è necessario utilizzare il ladder di acido nucleico appropriato (RNA o DNA).

I marcatori di peso molecolare delle proteine sono costituiti da proteine il cui peso è misurato in kDa. Sono più comunemente utilizzati nella SDS-PAGE e nel western blotting. I marcatori di peso molecolare delle proteine sono talvolta utilizzati come controllo quando si verifica la migrazione delle proteine e si osserva l'efficienza del trasferimento.