Strumenti per elettroforesi capillare (CE)
I sistemi Spectrum e Spectrum Compact CE forniscono soluzioni scalabili per l'analisi dei frammenti di DNA per i laboratori forensi e per l'analisi di linee cellulari e campioni misti per i laboratori di ricerca. Spectrum Compact è stato progettato anche per l'analisi del sequenziamento Sanger, supportando la conferma NGS e CRISPR-cas9.
Strumenti per elettroforesi capillare
Confronto tra i sistemi Spectrum CE
| Spectrum CE | Spectrum Compact CE | |
|---|---|---|
| Panoramica | Sistema CE ad alta capacità produttiva ideale per laboratori di medie e grandi dimensioni che trattano molti campioni | Sistema CE da banco ideale per i laboratori più piccoli che desiderano aumentare l'efficienza |
| Applicazioni | Analisi dei frammenti | Sequenziamento Sanger, analisi dei frammenti |
| Numero di capillari | 8 (24 in arrivo) | 4 |
| Lunghezza dell'array di capillari | 36 cm | 36 cm |
| Numero massimo di colori del colorante | 8 | 6 |
| Produzione | Alta produttività Quattro piastre da 96 pozzetti con accesso continuo |
Produttività medio-bassa Quattro provette a striscia da 8 pozzetti |
| Piattaforma informatica | Computer e monitor separati | Touch screen integrato con computer incorporato |
| Polimero | Polimero4 | Polimero4 e polimero7 |
| Tracciabilità dei materiali di consumo | RFID | Codice a barre 2D |
| Tipo di file di dati | .fsa e .promega | .fsa e .ab1 |
| Analisi secondaria | GeneMarkerHID® Spectrum | Software di sequenziamento GeneMarkerHID® Spectrum ProView |
| Peso | 103 kg (228 libbre) | 45 kg (99 libbre) |
| Dimensioni | 68 cm L x 68 cm P x 77 cm A | 40 cm L x 60 cm P x 60 cm A |
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Introduzione all'elettroforesi capillare
L'elettroforesi capillare è un metodo per separare e identificare frammenti di DNA marcati in modo fluorescente facendoli passare attraverso capillari molto sottili riempiti di polimeri. L'uso di capillari al posto di un gel convenzionale permette di applicare un campo elettrico molto più forte, con conseguente separazione più rapida e maggiore produttività. Il processo è caratterizzato da una risoluzione a singola base e richiede piccole quantità di campione.
I campioni di DNA marcati in modo fluorescente vengono preparati per l'elettroforesi e caricati nello strumento CE. La matrice capillare viene riempita di polimero e posizionata nei pozzetti del campione. Quando la matrice capillare entra nei pozzetti, si forma una corrente elettrica e i frammenti di DNA vengono spostati elettrocineticamente nei capillari. Successivamente, le estremità della matrice capillare vengono inserite nel tampone catodico e anodico. Lo strumento applica una tensione e una temperatura specifiche per controllare la migrazione del campione attraverso la matrice capillare. I frammenti vengono separati in base alle dimensioni, con i frammenti più piccoli che si muovono più velocemente.
La fase finale è la rilevazione del campione. Quando i frammenti marcati in modo fluorescente passano davanti alla finestra di rilevamento, un laser eccita i coloranti fluorescenti. La luce emessa viene separata spettralmente e registrata da una telecamera CCD. La telecamera CCD registra la firma fluorescente di ciascun frammento e il tempo trascorso dal frammento per migrare attraverso il polimero. I dati grezzi vengono inviati al software di raccolta sotto forma di picco e sono pronti per l'analisi.
Le applicazioni comprendono l'analisi STR e il sequenziamento Sanger, oltre a molte altre funzioni quotidiane dei laboratori di ricerca forensi, accademici e clinici.
Cos'è il sequenziamento Sanger?
Il sequenziamento Sanger, noto anche come metodo di terminazione della catena, è una tecnica di sequenziamento del DNA che si basa sull'incorporazione selettiva di didesossinucleotidi terminatori di catena durante la replicazione del DNA, consentendo la determinazione precisa delle sequenze nucleotidiche. Sebbene siano stati sviluppati metodi più recenti ad alta produttività, il sequenziamento Sanger rimane il gold standard per le applicazioni di sequenziamento su piccola scala grazie alla sua accuratezza e affidabilità. È ampiamente utilizzato per applicazioni quali la validazione genica, il rilevamento di mutazioni, l'identificazione microbica e la conferma dei risultati del sequenziamento di nuova generazione (NGS).
What is Fragment Analysis?
L'analisi dei frammenti è una tecnica di biologia molecolare utilizzata per separare e analizzare i frammenti di DNA in base alle loro dimensioni. Grazie all'uso della marcatura fluorescente e dell'elettroforesi capillare, questo metodo consente di determinare con precisione le dimensioni dei frammenti di DNA che differiscono anche solo per un singolo nucleotide. L'analisi dei frammenti è fondamentale in applicazioni quali le indagini forensi, l'analisi di campioni per banche dati, la caratterizzazione dei microsatelliti, la genotipizzazione, l'individuazione di mutazioni e l'impronta genetica.
