Migliorare le analisi dei campioni FFPE con la lab automation

In oncologia le biopsie tissutali vengono solitamente incluse in paraffina (FFPE) e, questi campioni FFPE, analizzati poi mediante tecniche immunoistochimiche o molecolari in modo da identificare eventuali biomarcatori utili alla diagnosi e alla scelta terapeutica dei pazienti. Queste tecniche di inclusione consentono la conservazione a lungo termine dei campioni, ma hanno un impatto negativo sull'integrità degli acidi nucleici rendendo più complicato per i laboratori estrarre DNA e RNA dai tessuti FFPE in quantità e qualità sufficienti per le tecniche di analisi molecolare (come le analisi NGS). 

Come migliorare quindi le tecniche di estrazione dai tessuti FFPE per le proprie analisi oncologiche? Lo scopriamo in questo articolo.

"Presso lo University Hospital di Rennes riceviamo molti campioni di cancro al polmone di scarsa qualità o con poco materiale a disposizione. La fase di estrazione dell'acido nucleico diventa quindi fondamentale per ottenere una buona resa, dato che influenza il processo a valle e quindi il buon risultato delle analisi", ha dichiarato la dott.ssa Alexandra Lespagnol, direttrice tecnica del laboratorio Molecular Genetics of Cancer.

Per far fronte al numero sempre crescente di campioni da analizzare il laboratorio ha recentemente avviato un progetto di automazione per l'estrazione del DNA da tessuti FFPE, con l'obiettivo di migliorare tanto il processo di estrazione e tracciabilità dei campioni quanto la riproducibilità dei risultati ottenuti.

Risultati rapidi, consistenti e riproducibili

Il laboratorio ha sfruttato le prestazioni del sistema FFPE Maxwell® HT  su campioni bioptici FFPE per le analisi NGS. Il nuovo protocollo è stato definito dalla stessa dott.ssa Alexandra Lespagnol come "intelligente e molto veloce, grazie all'estrazione di acido nucleico da ben 96 campioni in meno di 2 ore". Un protocollo flessibile, perché permette di trattare un numero qualsiasi di campioni compreso tra 1 e 96 portando ad un conseguente uso ottimale di reagenti e riduzione degli sprechi.

Durante la validazione del protocollo, eseguita con l'analisi NGS, il laboratorio ha potuto confrontare i risultati con quelli ottenuti da un protocollo automatizzato interno, scoprendo un tasso di successo più alto di oltre il 15%. Il tutto analizzando circa 500 campioni di tessuto FFPE di melanoma, tumore del colon-retto e del polmone.

Non solo. In un secondo test, eseguito sempre con lo stesso kit, il laboratorio ha estratto otto campioni di tessuto FFPE e tre bianchi senza che nessuna contaminazione venisse rilevata.

"Dopo i primi risultati con il sistema Maxwell® HT FFPE di Promega ci siamo resi conto di quanto la qualità dei campioni ottenuti internamente fosse ben al di sotto degli standard" prosegue la dottoressa Lespagnol. "Abbiamo inizialmente utilizzato il nuovo protocollo per l'analisi di campioni di tumore ovarico, ma abbiamo presto esteso il suo utilizzo a tutti i tipi di tumore, ottenendo un sensibile miglioramento nella qualità dei risultati ottenuti. Ad oggi siamo in grado di ridurre sia il numero di test di verifica sia il tempo necessario ad ottenere i risultati".

Il laboratorio punta ora ad espandere i protocolli di estrazione automatizzati ad altri tipi di campioni tra cui la biopsia liquida (DNA privo di cellule circolanti dal plasma) e l'RNA da FFPE. I test per queste applicazioni sono già iniziati.

Esperti di lab automation

Questo progetto è stato realizzato con la collaborazione e l'assistenza del Field Support Scientists (FSS) team di Promega. Il team FSS è esperto nell'automazione delle chimiche di Promega per l'estrazione, la quantificazione e l'amplificazione degli acidi nucleici, oltre che per moltissimi saggi cellulari su liquid-handling. Il team supporta i laboratori in tutto ciò che concerne l'implementazione dell'automazione, dallo sviluppo di script specifici, all'installazione in loco, passando per la formazione del personale fino a una completa e continua assistenza sui progetti.

Se stai pensando a soluzioni di lab automation che possano far fare il salto di qualità alla tua ricerca, scopri di più sui nostri servizi! 

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