Comprendere i disturbi digestivi con la Multiplex PCR in Real-Time 

Spesso sottovalutati, i disturbi digestivi sono una delle principali cause di mortalità in tutto il mondo. La sola diarrea provoca ogni anno 1,65 milioni di decessi, con un'incidenza maggiore nei Paesi a basso e medio reddito, in gran parte a causa delle carenze igieniche e della mancanza di acqua pulita.

Mentre tuttavia la diarrea acuta è stata ampiamente studiata dalla comunità scientifica, altri agenti patogeni responsabili di disturbi digestivi di lunga durata sono ancora oggi poco approfonditi. Alcuni tipi di diarree e di dolori addominali, ad esempio, possono arrivare a durare anche oltre 14 giorni.

Uno studio pubblicato sulla rivista Scientific Reports offre alcune indicazioni sulla prevalenza di questi agenti patogeni, sottolineando l'importanza della diagnostica molecolare avanzata per studiare i disturbi digestivi.

In questo studio i ricercatori hanno raccolto campioni di feci da 1.826 pazienti (sintomatici e asintomatici) in Costa d'Avorio, Mali e Nepal, tre Paesi particolarmente soggetti ai disturbi digestivi. Confrontando la prevalenza degli agenti patogeni in questi due gruppi, l'obiettivo dello studio era quello di determinare quali agenti patogeni contribuissero maggiormente alla comparsa dei sintomi osservati.

La Multiplex PCR in Real-Time

I metodi convenzionali utilizzati per identificare gli agenti patogeni hanno due grosse limitazioni: sono poco sensibili e riconoscono solo a una gamma ristretta di agenti patogeni. Limitazioni che i ricercatori hanno superato grazie a una tecnica molecolare avanzata nota come Multiplex PCR in Real-Rime.

I metodi di Multiplex PCR in Real-Time (o dPCR) si basano sulla rilevazione o sulla quantificazione separata della fluorescenza di sonde marcate con diversi reporter fluorescenti.

La PCR in Real-Time può rilevare più agenti patogeni (batteri, virus e protozoi) da un singolo campione di feci ed è allo stesso tempo altamente sensibile. Una capacità particolarmente preziosa nelle regioni in cui patogeni diversi sono presenti in forma endemica, dando origine alla possibilità che i pazienti possano essere co-infettati da più agenti patogeni.

Per elaborare efficacemente il grande volume di campioni, il team di ricerca ha utilizzato gli strumenti e i kit Maxwell® per automatizzare l'estrazione del DNA dai campioni di feci.

I risultati dello studio

Lo studio ha evidenziato una significativa variabilità della prevalenza dei patogeni nei tre paesi analizzati. Il Mali, ad esempio, ha mostrato un'alta prevalenza nella maggior parte degli agenti patogeni, con punte di patogeni fino a dieci volte più comuni rispetto al Nepal. La co-infezione con più agenti patogeni si è invece dimostrata molto comune in Costa d'Avorio e in Mali, ma non in Nepal, mentre i batteri Campylobacter spp. e EAEC sono stati rilevati in tutti i Paesi, con un'incidenza decisamente maggiore in Mali.

Le differenze nella prevalenza degli agenti patogeni nei tre Paesi suggeriscono come un approccio di salute pubblica uguale per tutti potrebbe non essere efficace. Gli interventi dovrebbero piuttosto adattarsi ai profili patogeni specifici di ciascun Paese.

Ad ogni modo, questo studio ha dimostrato le potenzialità della PCR multiplex in real-time nel fornire un quadro completo della prevalenza degli agenti patogeni, soprattutto in aree con malattie infettive molti differenti tra loro.

Le conoscenze acquisite da questo studio evidenziano il ruolo critico della diagnostica molecolare nella lotta ai disturbi digestivi. Rivelando la prevalenza degli agenti patogeni in base al contesto e evidenziando l'importanza degli approcci diagnostici, questa ricerca apre la strada a interventi di salute pubblica più mirati ed efficaci che possano ridurre il tasso di mortalità ancora troppo alto dei disturbi digestivi.

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